Το Τμήμα Μεσογειακών Σπουδών του Πανεπιστημίου Αιγαίου λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2014-2015 καινούργιο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Αρχαιολογία της Ανατολικής Μεσογείου: Ελλάδα, Αίγυπτος, Εγγύς Ανατολή» το οποίο οδηγεί σε Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης στην Αρχαιολογία της Ανατολικής Μεσογείου. Το ακαδημαϊκό έτος 2014-2015 θα εισαχθούν στο ΠΜΣ κατ’ ανώτατο όριο τριάντα (30) μεταπτυχιακοί φοιτητές.