Το Τμήμα Μεσογειακών Σπουδών του Πανεπιστημίου Αιγαίου θα λειτουργήσει από το ακαδημαϊκό έτος 2014−2015 αναμορφωμένο το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τον τίτλο «Διακυβέρνηση, Ανάπτυξη και Ασφάλεια στη Μεσόγειο». Το εν λόγω ΠΜΣ αποτελεί το μοναδικό στο χώρο της ελληνικής ανώτατης εκπαίδευσης πρόγραμμα επιστημονικής εξειδίκευσης σχετικά με τις πολιτικές, κοινωνικές, οικονομικές και διεθνείς εξελίξεις στην περιοχή της Μεσογείου και απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) στη «Διακυβέρνηση, Ανάπτυξη και Ασφάλεια στη Μεσόγειο».