Το ερευνητικό έργο του Τμήματος διαμορφώνεται με βάση την συγκρότηση ομάδων Καθηγητών και Λεκτόρων και διδασκόντων (ΕΕΔΙΠ, Π.Δ. 407, ΕΤΕΠ) με συναφή ερευνητικά ενδιαφέροντα. Επίσης, διαμορφώνεται μέσω συνεργασιών στο πλαίσιο ερευνητικών διατμηματικών προγραμμάτων και δικτύων.

Οι έρευνες εστιάζονται στους ακόλουθους πέντε άξονες:
• στα πολιτικό-οικονομικά και κοινωνικά ζητήματα που απασχολούν την περιοχή της Μεσογείου,
• στη σχέση της Μεσογείου με το Ευρωπαϊκό και διεθνές περιβάλλον, καθώς και στη θέση της Ελλάδας στον ευρύτερο Μεσογειακό χώρο,
• στη συγκριτική μελέτη των γλωσσών της Νοτιοανα¬τολικής Μεσογείου,
• στη διδασκαλία της Αραβικής, Εβραϊκής, Ελληνικής και Τουρκικής,
• στην ιστορία και αρχαιολογία των πολιτισμών που αναπτύχθηκαν στον Ελλαδικό χώρο και την ευρύτερη λεκάνη της ΝΑ Μεσογείου (Αίγυπτος, Εγγύς Ανατολή).

Πιο συγκεκριμένα, οι τομείς έρευνας περιλαμβάνουν θεωρητικές και εφαρμοσμένες δράσεις στη Διεθνή Πολιτική και τη Διπλωματία, την Ασφάλεια και τη Συνεργασία, την Επίλυση Διενέξεων και Συγκρούσεων, τη Παγκοσμιοποίηση, το Ευρωπαϊκό Κοινοτικό Δίκαιο, το Διεθνές Δίκαιο της Θάλασσας και των Υδάτων, τη Μέση Ανατολή, την Πολιτική Οικονομία, την Ιστορική Γλωσσολογία, τη Γλωσσική Επαφή, τη Διαλεκτολο¬γία, την Υπολογιστική Γλωσσολογία, την Ανάλυση Λόγου, τη Γλωσσική Κατάκτηση, την Αρχαιολογία και τις Αρχαιολογικές Επιστήμες, τη Νομισματική, την Αιγυπτιολογία και την Αρχαιολογία της Εγγύς Ανατολής, την Αρχαία Ιστορία και Φιλολογία.